北京大學醫(yī)學教育開始于1912年，建校后先后稱為國立北京醫(yī)科專門學校、北京大學醫(yī)學院、北京醫(yī)學院、北京醫(yī)科大學。2000年與北京大學合并成為新的北京大學后，改稱北京大學醫(yī)學部。

北京大學醫(yī)學部在長達一個世紀的辦學實踐中，逐漸形成了“勤奮、嚴謹、求實、創(chuàng)新”的學風和“堅定正確的政治方向，嚴謹求實的治學態(tài)度，熱忱獻身的服務精神”的校風。

北京大學醫(yī)學部師資雄厚，專業(yè)技術(shù)人員萬人，其中高級職稱人員六千人，兩院院士11名，*74名，國家有突出貢獻專家16位。在校生人數(shù)一萬余人，其中研究生和本科生比例將1:1。北京大學醫(yī)學部現(xiàn)有12個一級學科博士、碩士學位授權(quán)點，50個二級學科博士學位授權(quán)點和59個二級學科碩士學位授權(quán)點，6個博士后流動站。北京大學醫(yī)學部以培養(yǎng)本科生、研究生為主體，同時又是國家繼續(xù)教育的培訓基地。醫(yī)學部接收來自港澳臺地區(qū)學生、海外華僑學生和外國留學生到校學習。

北京大學醫(yī)學部有基礎醫(yī)學院、藥學院、公共衛(wèi)生學院、護理學院、公共教學部、第一臨床醫(yī)學院(北大醫(yī)院)、第二臨床醫(yī)學院(人民醫(yī)院)、第三臨床醫(yī)學院(北醫(yī)三院)、口腔醫(yī)學院、臨床腫瘤學院(腫瘤醫(yī)院)、精神衛(wèi)生研究所(北醫(yī)六院)、北京大學深圳醫(yī)院、北京大學首鋼醫(yī)院、醫(yī)學網(wǎng)絡教育學院。另外，北京積水潭醫(yī)院、北京醫(yī)院、中日友好醫(yī)院、北京世紀壇醫(yī)院、中國航天中心醫(yī)院、回龍觀醫(yī)院、中國民用航空總醫(yī)院、首都兒科研究所、北京地壇醫(yī)院、中國人民解放軍302、306醫(yī)院、京煤集團總醫(yī)院、北京仁和醫(yī)院也是醫(yī)學部的臨床醫(yī)學院或教學醫(yī)院。醫(yī)學部內(nèi)擁有教學樓、實驗樓、圖書館、藥學樓、公共衛(wèi)生樓、醫(yī)藥分析中心、信息中心、電化教育中心、實驗動物部、檔案館、出版社、體育館等裝備精良的教學、科研設施。

北京大學醫(yī)學部學科齊全。截至2007年，醫(yī)學部評估通過的重點學科包括生理學、神經(jīng)生物學、細胞生物學、生物化學與分子生物學、免疫學、病理學與病理生理學、內(nèi)科學(心血管病)、內(nèi)科學(血液病)、內(nèi)科學(腎病)、兒科學、精神病與精神衛(wèi)生學、皮膚病與性病學、外科學(骨外)、外科學(泌尿外)、婦產(chǎn)科學、眼科學、腫瘤學、運動醫(yī)學、口腔臨床醫(yī)學、口腔基礎醫(yī)學、流行病與衛(wèi)生統(tǒng)計學、藥物化學、生藥學、藥理學等24個。

醫(yī)學部有1個國家級重點實驗室，11個省(部)級重點實驗室。在全國醫(yī)學院校中連續(xù)十余年獲國家自然科學基金第一名，完成科研課題和所獲各類科研基金以及在SCI及國內(nèi)刊物上發(fā)表論文數(shù)量均名列全國醫(yī)學院校首位。北京大學醫(yī)學部與世界衛(wèi)生組織(WHO)、聯(lián)合國兒童基金會(UNICEF)、美國疾病控制中心、美國中華醫(yī)學基金會(CMB)等國際組織保持著良好的合作關系，并與十幾個國家和地區(qū)的20多所大學建立了良好的校際交流關系，先后聘請了70位世界著名學者為客座教授、名譽教授，其中3位是諾貝爾獎獲得者。