福建中醫藥大學現在有2個校區，分別為福建中醫藥大學旗山校區、屏山校區。

福建中醫藥大學原名福建中醫學院，創建于1958年，是我國創辦較早的高等中醫藥院校之一，是福建省重點建設高校，2010年3月經教育部批準更名為福建中醫藥大學。學校設有13個學院（部），2個研究院；有中醫學、中西醫結合等2個博士學位授權一級學科，17個博士學位授權點。現有全日制在校生1.2萬多人，其中研究生1400多人。

1、福建中醫藥大學旗山校區

地址：福建省福州市閩侯縣上街鎮上街華佗路1號

2、福建中醫藥大學屏山校區

地址：五四路282號

學校擁有兩個校區，共占地1030畝，各類建筑總面積32萬多方米，教學科研儀器設備總值2.5億多元，紙質圖書120萬冊、電子圖書73萬冊。學校各類設施優良，配備了現代化的教學、科研、行政、生活等設施，建設了富有中醫藥文化氣息的人文景觀，是一個環境優美、文化濃郁的校園，被授予“全國中醫藥文化建設先進單位”和“全國綠化模范單位”榮譽稱號。