河南科技學院前身是淵源于延安自然科學院生物系的北京農業大學長治分校和原省立農業學校。1949年8月，原省立農業學校創建。1951年，原省立農業學校、北京農業大學長治分校合并升格為原農學院（本科）。

1952年，原農學院參與多個院校的合并：部分并入河北農學院，發展為現河北農業大學；部分參與合并升格為河南農學院，發展為現河南農業大學；部分合并升格為北京機械化農業學院，后發展為北京農業機械化學院、北京農業工程大學，現參與合并組建中國農業大學；獸醫組參與合并升格為內蒙古畜牧獸醫學院，相繼發展為現內蒙古農牧學院、內蒙古農業大學；森林系參與合并升格為北京林學院，現發展為北京林學院。

1953年原農學院改建為百泉農業學校。1954年，陜州棉校并入百泉農業學校（中專）。1957年，百泉農業學校（畜牧/獸醫專業）改建為鄭州畜牧獸醫學校，后發展為鄭州畜牧獸醫專科學校、鄭州牧業工程高等專科學校。1958年，百泉農業學校升格為百泉農學院（本科），百泉農業學校撤消。

1959年，百泉農學院更名為新鄉專區農學院。1959年，新鄉專區農學院改建百泉農業專科學校（大專）。1962年，鄭州水利專科學校（部分）并入百泉農業專科學校。1987年，百泉農業專科學校升格為河南職業技術師范學院（本科）。

2004年，河南職業技術師范學院更名為河南科技學院（本科）。12月5日，入選卓越教師培養計劃。