南京中醫(yī)藥大學始建于1954年，歷經(jīng)江蘇省中醫(yī)進修學校、江蘇省中醫(yī)學校、南京中醫(yī)學院、江蘇新醫(yī)學院、南京中醫(yī)學院等歷史時期，是全國建校最早的中醫(yī)藥高等院校之一，是江蘇省重點建設高校，也是江蘇省人民政府與國家中醫(yī)藥管理局共建高校。建校60多年來，南京中醫(yī)藥大學為新中國高等中醫(yī)教育培養(yǎng)輸送了第一批師資、主持編寫了第一套教材和教學大綱，培養(yǎng)了新中國中醫(yī)藥界最早的學部委員，為新中國中醫(yī)高等教育模式的確立和推廣做出了重要貢獻，被譽為“中國高等中醫(yī)教育的搖籃”。

學校坐落于鐘靈毓秀、虎踞龍蟠的古都南京，擁有仙林和漢中門兩個校區(qū)。現(xiàn)有各類在校生2萬名，設有基礎醫(yī)學院、第一臨床醫(yī)學院、第二臨床醫(yī)學院、醫(yī)學與生命科學學院、藥學院、衛(wèi)生經(jīng)濟管理學院、護理學院、外國語學院、信息技術學院、心理學院共10所直屬學院，28個本科專業(yè)，涉及醫(yī)、管、理、工、經(jīng)、文等6個學科門類，初步形成了以中醫(yī)藥為主體、中西醫(yī)結合、多學科為支撐協(xié)調(diào)發(fā)展的辦學格局。

學校現(xiàn)有國家一級重點學科1個，國家二級重點學科2個，國家重點（培育）學科2個；江蘇高校優(yōu)勢學科建設工程二期項目立項學科2個、重點序列學科2個；國家中醫(yī)藥管理局中醫(yī)藥重點學科33個。臨床醫(yī)學、藥理學與毒理學2個學科進入ESI全球排名前1%。擁有中醫(yī)學、中藥學、中西醫(yī)結合3個一級學科學位授權點和博士后科研流動站；二級學科博士學位授權點14個，自主設置二級學科博士學位授權點17個；一級學科碩士學位授權點5個，二級學科碩士學位授權點23個，自主設置二級學科碩士學位授權點19個；有專業(yè)博士學位授權點1個，專業(yè)碩士學位授權點4個，具有博士生導師自審權和主干學科專業(yè)的教授評審權。學校現(xiàn)有國家級專業(yè)綜合改革試點項目2個，國家級專業(yè)5個，卓越醫(yī)生（中醫(yī)）教育培養(yǎng)計劃改革試點項目3個，國家級精品資源共享課程6門，國家級教學團隊2個，國家級人才培養(yǎng)模式創(chuàng)新實驗區(qū)1個，國家級實驗教學示范中心3個，國家級大學生校外實踐教育基地1個，國家級規(guī)劃教材（主編）33部,國家級教學成果4項。現(xiàn)已建成27所附屬醫(yī)院、4所中西醫(yī)結合臨床醫(yī)學院，各類教學及畢業(yè)實基地逾百所。

學校科研實力雄厚，是國家科技部新藥臨床試驗研究（GCP）中心、國家發(fā)改委中藥資源產(chǎn)業(yè)化與方劑創(chuàng)新藥物國家地方聯(lián)合工程研究中心、國家教育部中藥炮制規(guī)范化及標準化工程研究中心、國家級中藥炮制技術傳承基地、江蘇省植物藥深加工工程研究中心、江蘇省海洋藥物研究開發(fā)中心、江蘇省中醫(yī)藥研究與新藥創(chuàng)制中心、江蘇省中藥資源產(chǎn)業(yè)化過程協(xié)同創(chuàng)新中心的依托建設單位。學校現(xiàn)有江蘇高校協(xié)同創(chuàng)新中心2個，國家地方聯(lián)合工程研究中心1個，省部共建教育部重點實驗室1個，教育部工程研究中心1個，國家中醫(yī)藥管理局重點研究室3個，國家中醫(yī)藥管理局三級實驗室8個，江蘇省重點實驗室2個，江蘇省高校重點實驗室4個，省級工程研究中心（工程實驗室）6個，江蘇高校哲學社會科學重點研究基地1個。學校構建形成了“一個中心、四大板塊”的科技臺布局，即江蘇省中醫(yī)藥研究與新藥創(chuàng)制中心和南京中醫(yī)藥大學科技園、南京高新技術開發(fā)區(qū)中藥產(chǎn)業(yè)園區(qū)、中國醫(yī)藥城中醫(yī)藥研究院、江蘇生命科技園，加快推進“產(chǎn)、學、研”結合，積極為地方經(jīng)濟社會發(fā)展服務。

學校有國醫(yī)大師5人，“*”特聘教授1名，國家杰出青年科學基金獲得者5人，國務院學科評議組成員3人，國家“973計劃”項目首席科學家1人，百千萬工程國家級人選5人，國務院政府特殊津貼獲得者51人，國家有突出貢獻中青年專家1人，國家教學名師2人，全國模范教師1人，全國優(yōu)秀教師6人。

學校是世界衛(wèi)生組織（WHO）傳統(tǒng)醫(yī)學合作中心、國家衛(wèi)生部確定的國際針灸培訓中心、全國中醫(yī)師資進修教育基地、中國中醫(yī)藥文獻信息檢索中心南京分中心，同時也是首批獲國家教育部批準接受和培養(yǎng)外國留學生及臺港澳地區(qū)學生的高等中醫(yī)藥院校。2010年6月20日，學校與澳大利亞皇家墨爾本理工大學合作建立了全球首家中醫(yī)孔子學院，時任國家副*出席了揭牌儀式并發(fā)表重要講話。學校目前與世界90多個國家和地區(qū)有著廣泛交流和聯(lián)系，并與世界30多個國家和地區(qū)的政府、高等院校或?qū)W術團體及機構建立了友好合作關系，具有較高的國際聲譽和影響力。

面向未來，南京中醫(yī)藥大學將進一步繼承和發(fā)揚辦學的優(yōu)良傳統(tǒng)和作風，不斷深化體制機制改革，大力實施“人才強校、質(zhì)量興校”戰(zhàn)略，加強內(nèi)涵建設，提升辦學水，通過辦學規(guī)模、結構、質(zhì)量、效益的協(xié)調(diào)發(fā)展，積極創(chuàng)建“國際著名、國內(nèi)一流”的中醫(yī)藥大學，努力躋身于全國具有鮮明的高水大學行列。