中國高等航海教育發(fā)軔于上海，1909年晚清郵傳部上海高等實業(yè)學堂（南洋公學）船政科開創(chuàng)了我國高等航海教育的先河。1912年成立吳淞商船學校，1933年更名為吳淞商船專科學校。1959年交通部在滬組建上海海運學院。2004年經(jīng)教育部批準更名為上海海事大學。為更好地服務(wù)上海國際航運中心建設(shè)和國家航運事業(yè)發(fā)展，根據(jù)上海市高校布局結(jié)構(gòu)調(diào)整規(guī)劃，2008年上海海事大學主體搬遷臨港新城。2009年學校舉行百年校慶系列活動。

上海海事大學是一所以航運、物流、海洋為，具有工學、管理學、經(jīng)濟學、法學、文學和理學等學科門類的多科性大學。2008年，上海市人民政府與交通運輸部簽訂協(xié)議，共建上海海事大學。

在2004年教育部本科教學工作水評估和2006年教育部英語專業(yè)教學評估中獲得優(yōu)秀。，年度科技總經(jīng)費達到2.8億元，獲一批國家級科研項目及部市級以上科技進步獎。

學校實行校院二級管理體制，現(xiàn)設(shè)有商船學院、交通運輸學院、經(jīng)濟管理學院、物流工程學院（設(shè)中荷機電工程學院）、法學院、信息工程學院、外國語學院、海洋科學與工程學院、文理學院（設(shè)徐悲鴻藝術(shù)學院）、科學研究院、上海高級國際航運學院等二級辦學部門。在21000余名學生中，有本科生17000余人，各類在校研究生3000余人，留學生600余名。在1100余名專任教師中，有教授156名，具有博士學位的教師比例約53%。學校致力于培養(yǎng)國家航運業(yè)所需要的各級各類專門人才，已向全國港航企事業(yè)單位及政府部門輸送了大量畢業(yè)生，被譽為“高級航運人才的搖籃”。

學校2013年成立中國（上海）自貿(mào)區(qū)供應(yīng)鏈研究院和上海高級國際航運學院。中國（上海）自貿(mào)區(qū)供應(yīng)鏈研究院將自貿(mào)區(qū)建設(shè)與供應(yīng)鏈研究有機結(jié)合，以提升自貿(mào)區(qū)產(chǎn)業(yè)鏈建設(shè)水，促進自貿(mào)區(qū)貨物貿(mào)易向服務(wù)貿(mào)易的轉(zhuǎn)型發(fā)展，同時推動政府監(jiān)管職能的轉(zhuǎn)變。上海高級國際航運學院采取國際上先進的商學院運作模式，與全球優(yōu)秀教育機構(gòu)資源共享，著力打造國內(nèi)領(lǐng)先、國際知名的航運金融教育品牌，構(gòu)筑具有影響力的航運高端人才輸出基地。

2008年，上海市教育委員會、上海市城鄉(xiāng)建設(shè)和交通委員會、上海海事大學、虹口區(qū)人民政府等20多家單位共同發(fā)起成立上海國際航運研究中心。中心掛靠上海海事大學，是國際航運業(yè)發(fā)展的研究和咨詢機構(gòu)，為政府和國內(nèi)外企業(yè)與航運機構(gòu)等提供決策咨詢和信息服務(wù)，是上海市教委首批建立的“高校知識服務(wù)臺”之一。，市教委將該臺掛牌為“上海市協(xié)同創(chuàng)新中心”。

學校與境外70余所姐妹院校建立了校際交流與合作關(guān)系，開展教師交流、合作辦學、合作科研、學生交換等。與聯(lián)合國國際海事組織、波羅的海國際航運公會、挪威船級社等國際知名航運組織/機構(gòu)建立了密切聯(lián)系。自2010年起開設(shè)“國際班”，邀請美國、韓國、波蘭、俄羅斯、德國等國家航海院校的學生來校學習“航海技術(shù)”“航運管理”等專業(yè)。2011年，經(jīng)教育部批準，學校與加納中西非地區(qū)海事大學合作舉辦“物流管理”本科教育項目，并開始在非洲招生，這是上海市地方高校第一個頒發(fā)中國高校本科文憑的海外辦學項目。2012年，學校獲教育部批準正式成為“接受中國政府獎學金來華留學生院校”。