校始建于1951年，前身為西南區(qū)川南醫(yī)士學(xué)校，1978年升格并更名為瀘州醫(yī)學(xué)院，1993年成為碩士學(xué)位授權(quán)單位，2001年開始聯(lián)合培養(yǎng)博士，2003年開始留學(xué)生學(xué)歷教育。4月更名為四川醫(yī)科大學(xué)，同年12月更名為西南醫(yī)科大學(xué)。

學(xué)校占地2011畝。在校本科生、研究生、留學(xué)生17000余人。在職教職工5000余人，高級專業(yè)技術(shù)職務(wù)1000余人，碩士生導(dǎo)師566人，博士生導(dǎo)師17人。有教育部“*”講座教授、國家“百千萬人才工程”第一、二層次人選、享受國務(wù)院政府特殊津貼專家等高層次人才300余人，并聘請了包括邱蔚六、樊代明、付小兵等院士在內(nèi)的20余名國內(nèi)外專家為客座教授、兼職教授。

學(xué)校有碩士學(xué)位一級學(xué)科授權(quán)點(diǎn)7個，專業(yè)學(xué)位7個，省部級重點(diǎn)學(xué)科7個。有26個普通本科專業(yè)，其中國家專業(yè)3個，本科第一批次招生專業(yè)13個，雙學(xué)位專業(yè)5個。學(xué)校是國家第一批“卓越醫(yī)生教育培養(yǎng)計(jì)劃項(xiàng)目”、“臨床醫(yī)學(xué)專業(yè)綜合改革”、“臨床醫(yī)學(xué)碩士專業(yè)學(xué)位研究生培養(yǎng)模式改革”試點(diǎn)高校。有省級精品課程及精品資源共享課程26門和人才培養(yǎng)模式創(chuàng)新實(shí)驗(yàn)區(qū)、實(shí)驗(yàn)教學(xué)示范中心、虛擬仿真實(shí)驗(yàn)教學(xué)中心。是四川省卓越法律人才教育培養(yǎng)計(jì)劃示范性實(shí)踐教學(xué)基地。兩屆獲四川省高等教育教學(xué)成果獎一等獎3項(xiàng)。在全國高等醫(yī)學(xué)院校大學(xué)生臨床技能競賽中，連續(xù)六年獲西南西北分區(qū)賽一等獎，獲全國總決賽二等獎2次、三等獎4次；連續(xù)兩次獲國際口腔醫(yī)學(xué)本科生操作技能大賽一等獎；獲第五屆全國高等醫(yī)學(xué)院校大學(xué)生中醫(yī)藥創(chuàng)意設(shè)計(jì)競賽一等獎；醫(yī)學(xué)專業(yè)學(xué)生參加國家執(zhí)業(yè)資格考試通過率連續(xù)多年位居全國前列；畢業(yè)留學(xué)生回國參加執(zhí)業(yè)醫(yī)師考試通過率達(dá)81.88%，遠(yuǎn)高于其所在國均水。

學(xué)校有教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、國家級博士后科研工作站、國家藥物臨床試驗(yàn)機(jī)構(gòu)、省重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、省科技基礎(chǔ)條件臺等研究基地和機(jī)構(gòu)，是“四川2011心血管疾病防治協(xié)同創(chuàng)新中心”的牽頭單位，有四川省唯一一個以醫(yī)藥、醫(yī)療器械研發(fā)為的省級大學(xué)科技園。截止目前，學(xué)校獲國家級、省部級科研項(xiàng)目700項(xiàng)；獲四川省科技進(jìn)步一等獎5項(xiàng)，中華醫(yī)學(xué)科技進(jìn)步二等獎1項(xiàng)，三等獎2項(xiàng)。

學(xué)校是四川省高等學(xué)校教育信息化示范學(xué)校。圖書館是四川省自動化、網(wǎng)絡(luò)化建設(shè)優(yōu)秀圖書館。

學(xué)校有三級甲等直屬附屬醫(yī)院3所，編制床位總數(shù)4370張，有國家級和省部級醫(yī)學(xué)重點(diǎn)專科或?qū)W科8個，是國家級全科醫(yī)生臨床培訓(xùn)基地、國家或省級住院醫(yī)生和專科醫(yī)師規(guī)范化培訓(xùn)基地，是擁有4000多萬人口的川滇黔渝結(jié)合部的區(qū)域醫(yī)療衛(wèi)生中心。