新疆醫科大學有4個校區，分別是本部、護理學院、臨床醫學院、厚博學院。

新疆醫科大學是一所具有光榮傳統的高等醫學院校。學校有4個校區，共占地130.2萬方米。有14個學院，2個教學部，各類在校生26770余人，其中博士研究生430人，碩士研究生3043人，普通本科生7919人，普通專科生3002人，留學生606人，成人教育學生7804人，獨立學院學生3612人。

新疆醫科大學校區及地址

本部：新疆維吾爾自治區烏魯木齊市新醫路393號

護理學院：烏魯木齊沙依巴克區友好南路168號

臨床醫學院：勝利路558

厚博學院：鯉魚山路23號附

截止2016年3月，學校有4個校區，占地面積130.2萬余方米(13020畝)，建筑面積61.59萬方米(含六所附屬醫院)，23個本科專業，22個專科專業，各類在校生24979人，其中統招博士研究生246人，統招碩士研究生2778人，在職人員攻讀博碩士學位學生217人，普通本科生8745人，普通專科生1555人(其中含高中起點鄉村醫師高職學生146人)，留學生551人，成人教育學生10887人(專科6870，本科4017)。