云南農業大學有3個校區，分別是東校區、西校區、五華校區。

云南農業大學位于春城昆明，北依龍泉山、東傍盤龍江，毗鄰著名風景名勝昆明黑龍潭公園，是云南省省屬重點大學。2008年教育部本科教學評估為優秀，2009年、2013年、2014年省委省政府依托學校教育管理資源分別創辦了云南農村干部學院、云南省高原農業產業研究院、云南省食品安全管理學院。2013年12月，經科技部、教育部審核批準建設云南農業大學新農村發展研究院。

東校區：昆明市盤龍區金黑公路95號

西校區：昆明市盤龍區豐源路452號

五華校區：云南省昆明市五華區滇緬大道2515號

校區占地面積1972148.57方米，校舍面積619454.77方米。校本部教學科研儀器設備總值2.53億元，固定資產總值18.92億元。設有20個學院，66個本科專業，在校全日制本專科生、碩士研究生、博士研究生和留學生20500余人，成人教育學生9000余人

截至2015年1月，該校設有農學與生物技術學院、動物科學技術學院、植物保護學院、煙草學院、資源與環境學院、食品科學技術學院、水利學院、機電工程學院、基礎與信息工程學院、園林園藝學院、經濟管理學院、馬克思主義學院、人文社會科學學院、外語學院、體育學院、建筑工程學院、龍潤普洱茶學院、熱帶作物學院等18個學院和國際學院、職業與繼續教育學院