《勞動合同法》出于對勞動者的保護(hù)，對違反服務(wù)期約定的違約金數(shù)額規(guī)定了上限，最高不得超過用人單位的培訓(xùn)費(fèi)用。實(shí)踐中，用人單位往往在法律允許的范圍內(nèi)，將違約金規(guī)定至最高額，所以，造成了違約金概念和培訓(xùn)費(fèi)概念的混淆，但實(shí)際上它們的法律性質(zhì)是不同的。違約金是指當(dāng)事人在合同中約定的，一方違約時應(yīng)支付給另一方的金額。只要一方違約，就應(yīng)該向另一方支付違約金。

如果小軍和公司有服務(wù)期的約定，則應(yīng)該適用《勞動合同法》的規(guī)定，支付違約金5000元。如果沒有約定，則適用1995年的規(guī)定，不需要向公司支付培訓(xùn)費(fèi)5000元。

小軍和公司有服務(wù)期協(xié)議，所以應(yīng)該支付5000元錢，但小軍支付的5000元是違約金，而不是培訓(xùn)費(fèi)。