2009年4月16日，國家稅務(wù)總局以國稅發(fā)〔2009〕79號(hào)印發(fā)《企業(yè)所得稅匯算清繳管理辦法》。該《辦法》共28條，自2009年1月1日起執(zhí)行。《國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)〈企業(yè)所得稅匯算清繳管理辦法〉的通知》(國稅發(fā)〔2005〕200號(hào))、《國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)新修訂的〈外商投資企業(yè)和外國企業(yè)所得稅匯算清繳工作規(guī)程〉的通知》(國稅發(fā)〔2003〕12號(hào))和《國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)新修訂的〈外商投資企業(yè)和外國企業(yè)所得稅匯算清繳管理辦法〉的通知》(國稅發(fā)〔2003〕13號(hào))予以廢止。

以下為《企業(yè)所得稅匯算清繳管理辦法》全文內(nèi)容：

第一條為加強(qiáng)企業(yè)所得稅征收管理，進(jìn)一步規(guī)范企業(yè)所得稅匯算清繳管理工作，根據(jù)《中華人民共和國企業(yè)所得稅法》及其實(shí)施條例(以下簡稱企業(yè)所得稅法及其實(shí)施條例)和《中華人民共和國稅收征收管理法》及其實(shí)施細(xì)則(以下簡稱稅收征管法及其實(shí)施細(xì)則)的有關(guān)規(guī)定，制定本辦法。

第二條企業(yè)所得稅匯算清繳，是指納稅人自納稅年度終了之日起5個(gè)月內(nèi)或?qū)嶋H經(jīng)營終止之日起60日內(nèi)，依照稅收法律、法規(guī)、規(guī)章及其他有關(guān)企業(yè)所得稅的規(guī)定，自行計(jì)算本納稅年度應(yīng)納稅所得額和應(yīng)納所得稅額，根據(jù)月度或季度預(yù)繳企業(yè)所得稅的數(shù)額，確定該納稅年度應(yīng)補(bǔ)或者應(yīng)退稅額，并填寫企業(yè)所得稅年度納稅申報(bào)表，向主管稅務(wù)機(jī)關(guān)辦理企業(yè)所得稅年度納稅申報(bào)、提供稅務(wù)機(jī)關(guān)要求提供的有關(guān)資料、結(jié)清全年企業(yè)所得稅稅款的行為。

第三條凡在納稅年度內(nèi)從事生產(chǎn)、經(jīng)營(包括試生產(chǎn)、試經(jīng)營)，或在納稅年度中間終止經(jīng)營活動(dòng)的納稅人，無論是否在減稅、免稅期間，也無論盈利或虧損，均應(yīng)按照企業(yè)所得稅法及其實(shí)施條例和本辦法的有關(guān)規(guī)定進(jìn)行企業(yè)所得稅匯算清繳。

實(shí)行核定定額征收企業(yè)所得稅的納稅人，不進(jìn)行匯算清繳。

第四條納稅人應(yīng)當(dāng)自納稅年度終了之日起5個(gè)月內(nèi)，進(jìn)行匯算清繳，結(jié)清應(yīng)繳應(yīng)退企業(yè)所得稅稅款。

納稅人在年度中間發(fā)生解散、破產(chǎn)、撤銷等終止生產(chǎn)經(jīng)營情形，需進(jìn)行企業(yè)所得稅清算的，應(yīng)在清算前報(bào)告主管稅務(wù)機(jī)關(guān)，并自實(shí)際經(jīng)營終止之日起60日內(nèi)進(jìn)行匯算清繳，結(jié)清應(yīng)繳應(yīng)退企業(yè)所得稅款;納稅人有其他情形依法終止納稅義務(wù)的，應(yīng)當(dāng)自停止生產(chǎn)、經(jīng)營之日起60日內(nèi)，向主管稅務(wù)機(jī)關(guān)辦理當(dāng)期企業(yè)所得稅匯算清繳。

第五條納稅人12月份或者第四季度的企業(yè)所得稅預(yù)繳納稅申報(bào)，應(yīng)在納稅年度終了后15日內(nèi)完成，預(yù)繳申報(bào)后進(jìn)行當(dāng)年企業(yè)所得稅匯算清繳。

第六條納稅人需要報(bào)經(jīng)稅務(wù)機(jī)關(guān)審批、審核或備案的事項(xiàng)，應(yīng)按有關(guān)程序、時(shí)限和要求報(bào)送材料等有關(guān)規(guī)定，在辦理企業(yè)所得稅年度納稅申報(bào)前及時(shí)辦理。

第七條納稅人應(yīng)當(dāng)按照企業(yè)所得稅法及其實(shí)施條例和企業(yè)所得稅的有關(guān)規(guī)定，正確計(jì)算應(yīng)納稅所得額和應(yīng)納所得稅額，如實(shí)、正確填寫企業(yè)所得稅年度納稅申報(bào)表及其附表，完整、及時(shí)報(bào)送相關(guān)資料，并對(duì)納稅申報(bào)的真實(shí)性、準(zhǔn)確性和完整性負(fù)法律責(zé)任。

第八條納稅人辦理企業(yè)所得稅年度納稅申報(bào)時(shí)，應(yīng)如實(shí)填寫和報(bào)送下列有關(guān)資料：

(一)企業(yè)所得稅年度納稅申報(bào)表及其附表;

(二)財(cái)務(wù)報(bào)表;

(三)備案事項(xiàng)相關(guān)資料;

(四)總機(jī)構(gòu)及分支機(jī)構(gòu)基本情況、分支機(jī)構(gòu)征稅方式、分支機(jī)構(gòu)的預(yù)繳稅情況;

(五)委托中介機(jī)構(gòu)代理納稅申報(bào)的，應(yīng)出具雙方簽訂的代理合同，并附送中介機(jī)構(gòu)出具的包括納稅調(diào)整的項(xiàng)目、原因、依據(jù)、計(jì)算過程、調(diào)整金額等內(nèi)容的報(bào)告;

(六)涉及關(guān)聯(lián)方業(yè)務(wù)往來的，同時(shí)報(bào)送《中華人民共和國企業(yè)年度關(guān)聯(lián)業(yè)務(wù)往來報(bào)告表》;

(七)主管稅務(wù)機(jī)關(guān)要求報(bào)送的其他有關(guān)資料。

納稅人采用電子方式辦理企業(yè)所得稅年度納稅申報(bào)的，應(yīng)按照有關(guān)規(guī)定保存有關(guān)資料或附報(bào)紙質(zhì)納稅申報(bào)資料。

第九條納稅人因不可抗力，不能在匯算清繳期內(nèi)辦理企業(yè)所得稅年度納稅申報(bào)或備齊企業(yè)所得稅年度納稅申報(bào)資料的，應(yīng)按照稅收征管法及其實(shí)施細(xì)則的規(guī)定，申請(qǐng)辦理延期納稅申報(bào)。

第十條納稅人在匯算清繳期內(nèi)發(fā)現(xiàn)當(dāng)年企業(yè)所得稅申報(bào)有誤的，可在匯算清繳期內(nèi)重新辦理企業(yè)所得稅年度納稅申報(bào)。

第十一條納稅人在納稅年度內(nèi)預(yù)繳企業(yè)所得稅稅款少于應(yīng)繳企業(yè)所得稅稅款的，應(yīng)在匯算清繳期內(nèi)結(jié)清應(yīng)補(bǔ)繳的企業(yè)所得稅稅款;預(yù)繳稅款超過應(yīng)納稅款的，主管稅務(wù)機(jī)關(guān)應(yīng)及時(shí)按有關(guān)規(guī)定辦理退稅，或者經(jīng)納稅人同意后抵繳其下一年度應(yīng)繳企業(yè)所得稅稅款。

第十二條納稅人因有特殊困難，不能在匯算清繳期內(nèi)補(bǔ)繳企業(yè)所得稅款的，應(yīng)按照稅收征管法及其實(shí)施細(xì)則的有關(guān)規(guī)定，辦理申請(qǐng)延期繳納稅款手續(xù)。

第十三條實(shí)行跨地區(qū)經(jīng)營匯總繳納企業(yè)所得稅的納稅人，由統(tǒng)一計(jì)算應(yīng)納稅所得額和應(yīng)納所得稅額的總機(jī)構(gòu)，按照上述規(guī)定，在匯算清繳期內(nèi)向所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)辦理企業(yè)所得稅年度納稅申報(bào)，進(jìn)行匯算清繳。分支機(jī)構(gòu)不進(jìn)行匯算清繳，但應(yīng)將分支機(jī)構(gòu)的營業(yè)收支等情況在報(bào)總機(jī)構(gòu)統(tǒng)一匯算清繳前報(bào)送分支機(jī)構(gòu)所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)。總機(jī)構(gòu)應(yīng)將分支機(jī)構(gòu)及其所屬機(jī)構(gòu)的營業(yè)收支納入總機(jī)構(gòu)匯算清繳等情況報(bào)送各分支機(jī)構(gòu)所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)。

第十四條經(jīng)批準(zhǔn)實(shí)行合并繳納企業(yè)所得稅的企業(yè)集團(tuán)，由集團(tuán)母公司(以下簡稱匯繳企業(yè))在匯算清繳期內(nèi)，向匯繳企業(yè)所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)報(bào)送匯繳企業(yè)及各個(gè)成員企業(yè)合并計(jì)算填寫的企業(yè)所得稅年度納稅申報(bào)表，以及本辦法第八條規(guī)定的有關(guān)資料及各個(gè)成員企業(yè)的企業(yè)所得稅年度納稅申報(bào)表，統(tǒng)一辦理匯繳企業(yè)及其成員企業(yè)的企業(yè)所得稅匯算清繳。

匯繳企業(yè)應(yīng)根據(jù)匯算清繳的期限要求，自行確定其成員企業(yè)向匯繳企業(yè)報(bào)送本辦法第八條規(guī)定的有關(guān)資料的期限。成員企業(yè)向匯繳企業(yè)報(bào)送的上述資料，應(yīng)經(jīng)成員企業(yè)所在地的主管稅務(wù)機(jī)關(guān)審核。

第十五條納稅人未按規(guī)定期限進(jìn)行匯算清繳，或者未報(bào)送本辦法第八條所列資料的，按照稅收征管法及其實(shí)施細(xì)則的有關(guān)規(guī)定處理。

第十六條各級(jí)稅務(wù)機(jī)關(guān)要結(jié)合當(dāng)?shù)貙?shí)際，對(duì)每一納稅年度的匯算清繳工作進(jìn)行統(tǒng)一安排和組織部署。匯算清繳管理工作由具體負(fù)責(zé)企業(yè)所得稅日常管理的部門組織實(shí)施。稅務(wù)機(jī)關(guān)內(nèi)部各職能部門應(yīng)充分協(xié)調(diào)和配合，共同做好匯算清繳的管理工作。

第十七條各級(jí)稅務(wù)機(jī)關(guān)應(yīng)在匯算清繳開始之前和匯算清繳期間，主動(dòng)為納稅人提供稅收服務(wù)。

(一)采用多種形式進(jìn)行宣傳，幫助納稅人了解企業(yè)所得稅政策、征管制度和辦稅程序;

(二)積極開展納稅輔導(dǎo)，幫助納稅人知曉匯算清繳范圍、時(shí)間要求、報(bào)送資料及其他應(yīng)注意的事項(xiàng)。

(三)必要時(shí)組織納稅培訓(xùn)，幫助納稅人進(jìn)行企業(yè)所得稅自核自繳。

第十八條主管稅務(wù)機(jī)關(guān)應(yīng)及時(shí)向納稅人發(fā)放匯算清繳的表、證、單、書。

第十九條主管稅務(wù)機(jī)關(guān)受理納稅人企業(yè)所得稅年度納稅申報(bào)表及有關(guān)資料時(shí)，如發(fā)現(xiàn)企業(yè)未按規(guī)定報(bào)齊有關(guān)資料或填報(bào)項(xiàng)目不完整的，應(yīng)及時(shí)告知企業(yè)在匯算清繳期內(nèi)補(bǔ)齊補(bǔ)正。

第二十條主管稅務(wù)機(jī)關(guān)受理納稅人年度納稅申報(bào)后，應(yīng)對(duì)納稅人年度納稅申報(bào)表的邏輯性和有關(guān)資料的完整性、準(zhǔn)確性進(jìn)行審核。審核重點(diǎn)主要包括：

(一)納稅人企業(yè)所得稅年度納稅申報(bào)表及其附表與企業(yè)財(cái)務(wù)報(bào)表有關(guān)項(xiàng)目的數(shù)字是否相符，各項(xiàng)目之間的邏輯關(guān)系是否對(duì)應(yīng)，計(jì)算是否正確。

(二)納稅人是否按規(guī)定彌補(bǔ)以前年度虧損額和結(jié)轉(zhuǎn)以后年度待彌補(bǔ)的虧損額。

(三)納稅人是否符合稅收優(yōu)惠條件、稅收優(yōu)惠的確認(rèn)和申請(qǐng)是否符合規(guī)定程序。

(四)納稅人稅前扣除的財(cái)產(chǎn)損失是否真實(shí)、是否符合有關(guān)規(guī)定程序。跨地區(qū)經(jīng)營匯總繳納企業(yè)所得稅的納稅人，其分支機(jī)構(gòu)稅前扣除的財(cái)產(chǎn)損失是否由分支機(jī)構(gòu)所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)出具證明。

(五)納稅人有無預(yù)繳企業(yè)所得稅的完稅憑證，完稅憑證上填列的預(yù)繳數(shù)額是否真實(shí)。跨地區(qū)經(jīng)營匯總繳納企業(yè)所得稅的納稅人及其所屬分支機(jī)構(gòu)預(yù)繳的稅款是否與《中華人民共和國企業(yè)所得稅匯總納稅分支機(jī)構(gòu)分配表》中分配的數(shù)額一致。

(六)納稅人企業(yè)所得稅和其他各稅種之間的數(shù)據(jù)是否相符、邏輯關(guān)系是否吻合。[2]　第二十一條主管稅務(wù)機(jī)關(guān)應(yīng)結(jié)合納稅人企業(yè)所得稅預(yù)繳情況及日常征管情況，對(duì)納稅人報(bào)送的企業(yè)所得稅年度納稅申報(bào)表及其附表和其他有關(guān)資料進(jìn)行初步審核后，按規(guī)定程序及時(shí)辦理企業(yè)所得稅補(bǔ)、退稅或抵繳其下一年度應(yīng)納所得稅款等事項(xiàng)。

第二十二條稅務(wù)機(jī)關(guān)應(yīng)做好跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)和合并納稅企業(yè)匯算清繳的協(xié)同管理。

(一)總機(jī)構(gòu)和匯繳企業(yè)所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)在對(duì)企業(yè)的匯總或合并納稅申報(bào)資料審核時(shí)，發(fā)現(xiàn)其分支機(jī)構(gòu)或成員企業(yè)申報(bào)內(nèi)容有疑點(diǎn)需進(jìn)一步核實(shí)的，應(yīng)向其分支機(jī)構(gòu)或成員企業(yè)所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)發(fā)出有關(guān)稅務(wù)事項(xiàng)協(xié)查函;該分支機(jī)構(gòu)或成員企業(yè)所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)應(yīng)在要求的時(shí)限內(nèi)就協(xié)查事項(xiàng)進(jìn)行調(diào)查核實(shí)，并將核查結(jié)果函復(fù)總機(jī)構(gòu)或匯繳企業(yè)所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)。

(二)總機(jī)構(gòu)和匯繳企業(yè)所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)收到分支機(jī)構(gòu)或成員企業(yè)所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)反饋的核查結(jié)果后，應(yīng)對(duì)總機(jī)構(gòu)和匯繳企業(yè)申報(bào)的應(yīng)納稅所得額及應(yīng)納所得稅額作相應(yīng)調(diào)整。