南京中醫藥大學始建于1954年，歷經江蘇省中醫進修學校、江蘇省中醫學校、南京中醫學院、江蘇新醫學院、南京中醫學院等歷史時期，是全國建校最早的高等中醫藥院校之一，是江蘇省重點建設高校，也是江蘇省人民政府與國家中醫藥管理局共建高校。建校62年來，南京中醫藥大學為新中國高等中醫藥教育培養輸送了第一批師資、主持編寫了第一套教材和教學大綱，誕生了新中國中醫藥界最早的學部委員，為新中國中醫高等教育模式的確立和推廣做出了重要貢獻，被譽為“中國高等中醫教育的搖籃”。

學校坐落于鐘靈毓秀、虎踞龍蟠的古都南京，擁有仙林和漢中門兩個校區。現有各類在校生2萬名，設有基礎醫學院、第一臨床醫學院、第二臨床醫學院、第三臨床醫學院（江蘇省中西醫結合醫院）、醫學與生命科學學院、藥學院、衛生經濟管理學院、護理學院、外國語學院、國際教育學院、信息技術學院、心理學院、國際經方學院、整合醫學學院、研究生院、繼續教育學院、人文與政治教育學院等教學機構，有28個本科專業，涉及醫、管、理、工、經、文6個學科門類，初步形成了以中醫藥為主體、中西醫結合、多學科為支撐協調發展的辦學格局。

學校現有國家一級重點學科1個，國家二級重點學科2個，國家重點（培育）學科2個；江蘇高校優勢學科建設工程二期項目立項學科2個、重點序列學科2個；國家中醫藥管理局中醫藥重點學科33個。臨床醫學、藥理學與毒理學2個學科進入ESI全球排名前1%。學校是全國首批具有碩士學位、博士學位授權的單位之一。現擁有中醫學、中藥學、中西醫結合3個博士一級學位點，學位點覆蓋中醫、中藥、中西醫結合所有二級學科，具有博士生導師自審權和主干學科專業的教授評審權。

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