學校始建于1951年，前身為西南區(qū)川南醫(yī)士學校，1959年升格并更名為瀘州醫(yī)學專科學校，1978年升格并更名為瀘州醫(yī)學院，1993年成為碩士學位授權單位，2001年開始聯(lián)合培養(yǎng)博士，2003年開始留學生學歷教育。更名為西南醫(yī)科大學。

學校占地2011畝。在校本科生、研究生、留學生17005人。學校有專任教師1056人，其中博士241人;具有高級專業(yè)技術職務的專任教師495人，其中正教授135人；碩士生導師616人，博士生導師17人。有教育部“*”講座教授、國家“百千萬人才工程”第一、二層次人選、享受國務院政府特殊津貼專家等高層次人才356人次。

學校有碩士學位一級學科授權點7個，專業(yè)學位7個，省部級重點學科7個。有26個普通本科專業(yè)，其中國家專業(yè)3個，本科第一批次招生專業(yè)13個，雙學位專業(yè)5個。學校是國家第一批“卓越醫(yī)生教育培養(yǎng)計劃項目”（2項）、“臨床醫(yī)學專業(yè)綜合改革”、“臨床醫(yī)學碩士專業(yè)學位研究生培養(yǎng)模式改革”試點高校。有省級精品課程及精品資源共享課程26門，省級人才培養(yǎng)模式創(chuàng)新實驗區(qū)2個、省級實驗教學示范中心4個、省級虛擬仿真實驗教學中心2個。是四川省卓越法律人才教育培養(yǎng)計劃示范性實踐教學基地。兩屆獲四川省高等教育教學成果獎一等獎3項。據(jù)國家考試中心數(shù)據(jù)顯示，我校醫(yī)學學科專業(yè)畢業(yè)生執(zhí)業(yè)資格考試通過率在全國高等院校中名列前茅。

學校有教育部重點實驗室、國家級博士后科研工作站、國家藥物臨床試驗機構、省重點實驗室、省科技基礎條件臺等研究基地和機構，是“四川2011心血管疾病防治協(xié)同創(chuàng)新中心”牽頭單位，有以醫(yī)藥、醫(yī)療器械研發(fā)為的省級大學科技園。五年，獲省部級科技成果獎24項，其中省政府一等獎3項、中華醫(yī)學科技獎二等獎1項、三等獎2項，獲得授權專利53項。

年來，學校不斷加強對外交流與合作，先后與美國、英國、加拿大、港澳臺等23個國家和地區(qū)的高校、醫(yī)療衛(wèi)生和科研機構建立了合作交流關系，積極開展聯(lián)合培養(yǎng)博士、互訪、教師培訓、學生交流和科研合作。先后邀請了美國國立健康研究院、英國斯旺西大學等國外大學及科研機構的專家學者來校交流訪問。先后舉辦了“中國酒城國際心血管研究高端論壇”、“第五屆國際離子通道學術大會”、“腫瘤醫(yī)學高端研討會”等國際學術會議。

學校是四川省高等學校教育信息化示范學校。圖書館是四川省自動化、網(wǎng)絡化建設優(yōu)秀圖書館。

學校有三級甲等直屬附屬醫(yī)院3所，有部省級醫(yī)學學科17個，是國家全科醫(yī)師規(guī)范化培訓基地、國家或省級住院醫(yī)生和專科醫(yī)師規(guī)范化培訓基地，是擁有4000多萬人口的川滇黔渝結合區(qū)域的省級醫(yī)療衛(wèi)生中心。