具有較強的科技創新能力。有中醫學、中藥學、中西醫結合3個博士后科研流動站，設有4個研究所、6個研究室，2個國家中醫藥管理局重點研究室，3個山東省工程技術研究中心。“十一五”以來，共承擔廳局級以上科研課題739項，其中國家級項目143項。在省屬高校中首家主持國家“973”項目1項，承擔“973”項目課題3項，牽頭國家“十一五”科技支撐計劃項目4項，財政部“中醫藥古籍保護與利用能力建設”重大專項1項；國家重大、重點科研項目累計科研經費突破1億元，中醫臨床研究基地建設資金2.8億元；獲國家科技進步二等獎2項，省部級獎勵78項、廳局級獎勵77項。是科技部認定的“國家科技成果重點推廣項目技術依托單位”、“國家中藥現代化、產業化規范種植項目承擔單位”。

學校注重加強學科建設，形成了一批優勢和學科。現有中醫基礎理論、中醫醫史文獻2個國家重點學科和中醫內科學1個國家重點（培育）學科。1個教育部重點實驗室，1個國家衛生部技術準入專科；國家中醫藥管理局重點學科12個、重點專科(專病)3個、重點建設專科5個、重點實驗室6個；有山東拾泰山學者”崗位學科6個，山東省人文社科研究基地1個，省級重點學科、重點專科、重點實驗室等14個。

學校*，以鄧小理論和“三個代表”重要為指導，深入貫徹落實科學發展觀和黨的教育方針，以建設高水名校為目標，以科學發展為主題，以人才培養為根本任務，以提高質量和科技創新為主線，以解放、深化改革為動力，凝聚全校師生的力量，統一，搶抓機遇，突出，奮發進取，以高昂的斗志、扎實的工作，全面推進高水名校建設，正在為實現山東中醫藥大學新的歷史性跨越而努力奮斗！