學校高度重視科研工作，“十一五”期間，共承擔廳局級以上科研課題74項，獲廳局級以上科研獎勵40余項；出版專著、教材72部，發表學術論文2000余篇；積極開展教學研究工作，獲省級教學成果獎10項，其中一等獎2項；積極推進教學改革，口腔醫學專業被評為省級教學改革試點專業，病理學、組織與胚胎學、兒科學3門課程被評為省級教學改革試點課程，組織與胚胎學、病理學、生物化學、藥理學、病理生理學5門課程被評為省級精品課程。

學校堅持開放辦學，注重加強對外交流與合作，與美國加州大學圣迭戈醫學院、韓國延世大學醫科大學、加圖立大學校醫科大學建立了友好校際關系，與美國杜克大學、佛羅里達海灣海岸大學、日本早稻田大學、英國皇家護理學院、新西蘭奧塔古大學等國外高校建立了合作與學術交流關系。“國際彩虹醫療隊”在學校設有中國學術交流中心。經山東省教育廳批準，2002年獲得留學生教育資格，留學生教育開始起步。

進入新世紀，學校確立了“堅持以發展為主題，深化兩項改革（教育教學改革、校內管理體制改革），推進三個創新（觀念創新、體制創新、機制創新），實施四大戰略（質量立校戰略、人才強校戰略、科研興校戰略、重點帶動戰略），強化五個保障（保障、組織保障、物質保障、文化保障、安全保障）”的辦學工作思路，積極推進學校各項事業的全面協調可持續發展。

發展中的濱州醫學院既充滿了蓬勃向上的朝氣與活力，又有著深厚的人文底蘊與文化積淀；既有嚴謹治學、躬身育人的一代名師，又有勤奮好學、奮發成才的莘莘學子。勤勞的濱醫人正在為實現建設省內一流、國內知名醫科大學的目標而努力奮斗，濱州醫學院的明天一定會更加燦爛美好！