9月1日起，化肥生產銷售和進口恢復征收增值稅，同時保留了有機類肥料國內生產銷售的增值稅免稅優惠政策。根據財政部的解釋，政策的目的是為了優化用肥結構，促進農業可持續發展。

有機肥類產品免征增值稅始于2008年6月1日，包括有機肥料、有機-無機復混肥料和生物有機肥三種肥料。依據是財政部與國家稅務總局于2008年4月29日下發的《關于有機肥產品免征增值稅的通知》(財稅〔2008〕56號)，對納稅人生產銷售和批發、零售有機肥料、有機-無機復混肥料和生物有機肥免征增值稅。這三種有機類肥料申請辦理免稅時，必須提供有效期內的肥料登記證、產品質量檢測報告，異地銷售的還要提供肥料登記備案證明。2008年12月10國家稅務總局在《關于有機肥產品免征增值稅問題的批復》(國稅函[2008]1020號)中明確規定，享受免稅政策的有機肥產品是指執行農業行業標準NY525的有機肥料、執行GB18877國家標準的有機-無機復混肥料和執行農業行業標準NY884的生物有機肥;其他不符合上述標準的產品，不屬于財稅〔2008〕56號文件規定的有機肥產品，應按照規定征收增值稅。

用價格、財稅政策引導有機類肥料替代部分化肥，有助于實現農用化肥零增長、減量增效。

更重要的是，這種化肥和有機肥的差別化政策，有助于解決農業有機廢棄物的資源綜合利用問題，以減輕畜禽糞便等廢棄物造成的農業面源污染。根據2010年國家統計局、環境保護部、農業部聯合發布的《第一次全國污染源普查公報》，農業源污染中的畜禽養殖業化學需氧量和總磷兩種污染物排放量分別占總排放量的41.9%和37.9%，遠超過工業源污染和化肥施用養分流失;在總氮污染物排放方面，種植業的化肥養分流失和畜禽養殖業排放分別占全國總排放量的33.8%和21.7%。初以來，為了完成中央農村工作會議提出的減少化肥不合理施用的要求，農業部出臺了《到2020年化肥使用量零增長行動方案》。國務院印發的《關于印發水污染防治行動計劃的通知》(國發[2015]17號)、《關于加快轉變農業發展方式的意見》(國辦發〔2015〕59號)和農業部印發的《關于打好農業面源污染防治攻堅戰的實施意見》(農科教發[2015]1號)都要求，種植業要減施化肥，提高化肥利用率，用農業有機廢棄物制成有機類肥料替代部分化肥。

取消化肥優惠政策，可以讓化肥價格適當回升，有利于化肥減量施用和減量增效施肥技術的推廣;保留有機類肥料的優惠政策，有利于有機肥部分替代化肥。

此次，國家停止化肥免征增值稅優惠政策，同時保留《關于有機肥產品免征增值稅的通知》(財稅〔2008〕56號)繼續有效，有利于鼓勵有機肥的生產和使用，優化用肥結構，促進農業可持續發展。這是繼2月化肥與有機肥差別化鐵路運價政策(化肥執行4號高運價，而有機類肥料仍執行2號運價)之后，國家出臺的又一項有機肥傾斜政策。